Séquençage de génomes complets (WSG) de 700 et séquençage du transcriptome (RNAseq) de 271 individus

L’Université du Québec à Chicoutimi (UQAC) est une université qui accueille chaque année plus de 6 500 étudiantes et étudiants, dont plus de 2 000 sont issus d’une cinquantaine de pays à travers le monde. Autant par la qualité des membres de son corps professoral que par les efforts soutenus de ses étudiantes et étudiants, l’UQAC se distingue au Québec, au Canada et mondialement grâce à ses projets de recherche. Elle contribue, notamment par l’entremise de ses créneaux d’excellence, à l’avancement de la recherche et de la création et au rayonnement de sa communauté. Dans le cadre d’un projet de recherche subventionné par les IRSC, il est prévu de faire séquencer le génome complet (WGS) de 700 individus. La technologie recherchée pour le séquençage est le NovaSeq X plus d’Illumina, ou une technologie équivalente ou moins récente développé par la même compagnie si celle-ci n’est pas disponible. La couverture visée est de 30X par échantillon avec une amplification de 150pb de type pairée (paired-end). Les échantillons d’ADN pour ce projet sont déjà extraits. En parallèle à ce projet, l’UQAC a également un autre projet subventionné aux IRSC pour lequel il sera requis de séquencer le transcriptome (RNAseq) de 271 échantillons. La couverture visée est de 50M de lectures par échantillon avec une amplification de 150pb de type pairée (paired-end). Les échantillons d’ARN pour ce projet seront extraits d’ici la fin décembre 2023. Pour les deux projets, la soumission devra inclure les étapes de génération, traitement, stockage et alignement des données soit sous forme de service (toutes les étapes étant réalisées par la compagnie soumissionnaire), soit sous forme d’accès aux outils d’analyse d’Illumina (BaseSpace Sequence Hub (BSSH) et iCredits pour l’utilisation du pipeline d’analyse DRAGEN). Une procédure ou plateforme sécuritaire devra également être en place pour le transfert des données. Pour des considérations éthiques, les échantillons ne pourront être acheminés à l’extérieur du Canada. Les séquences pour les deux projets devront être disponibles au plus tard au mois de mars 2024.