Trousses de mise à niveau Illumina HiSeq et appareil MiSeq -
Saskatoon, SK

Entente sur le commerce : ALÉNA/ACI/Canada-Pérou
ALE/Canada-Colombie ALE
Processus de demande des soumissions : Habituellement, une seule
entreprise est invitée à soumissionner
Pièce jointe : Aucune
Stratégie d'approvisionnement non concurrentielle : Droits
exclusifs
Entente sur les revendications territoriales globales : Non
Nom et adresse du fournisseur : 
Illumina Canada, Inc.
5200 Illumina Way
San Diego California
United States
92122
Nature des besoins : 


Trousses de mise à niveau Illumina HiSeq et appareil MiSeq -
Saskatoon, SK

31029-124007/A
Holt, Judy
Téléphone : 306-975-4051
Télécopieur : 306-975-5397

Le Conseil national de recherches du Canada (CNRC), Saskatoon, a
besoin d'un séquenceur Illumina HiSeq 2000, de deux trousses de
mise à niveau de systèmes Illumina HiSeq 2500 et d'un appareil
Illumina MiSeq.

CONTEXTE
L'un des principaux objectifs du CNRC de Saskatoon est de
développer des technologies permettant d'améliorer le matériel
génétique du blé, des oléagineuses et des légumineuses. Le
Laboratoire des technologies de l'ADN du CNRC de Saskatoon est
un centre d'excellence dans la mise au point de technologies
d'avant-garde dans les domaines de la biologie moléculaire, de
la génétique et de la génomique visant l'amélioration du
matériel génétique du blé et d'autres plantes. 

Les deux projets suivants sont importants pour le CNRC de
Saskatoon : l'amélioration du triticale par le biais de la
génomique (Canadian Triticum Advancement through Genomics, CTAG)
et le projet de sélection assistée par la génomique de
l'initiative vedette du CNRC sur le blé. Le projet CTAG comprend
le séquençage de plus de 7000 grands inserts de clones BAC
portant sur un chromosome entier du blé et s'insère dans la
composante canadienne du projet du Consortium international de
séquençage du génome du blé (International Wheat Genome
Sequencing Consortium, IWGSC). Ces deux projets ont un volet qui
porte sur le séquençage de régions du génome du blé qui sont
riches en gènes exprimés, par exemple, le séquençage de l'exome
associé au séquençage de novo du génome entier dans le cas de
génomes polyploïdes très grands et très complexes. Les deux
projets prévoient également l'analyse en profondeur des profils
d'expression génique (deep gene expression profiling) par
séquençage de l'ARN. Ces projets, conjugués aux autres études de
génomique dans lesquelles il faut séquencer des séquences
géniques de Brassica ou de légumineuses accroissent
considérablement les besoins du CNRC de Saskatoon en matière de
séquençage à grand débit. En plus de permettre le séquençage du
génome de nombreuses plantes, les plateformes en question
permettraient de répondre à d'autres besoins des chercheurs du
CNRC : 1) re-séquençage de génomes ciblés pour la recherche de
SNP et la détection de mutations; 2) détection, à la grandeur du
génome, de modifications épigénétiques touchant la méthylation
de l'ADN par le séquençage de l'ADN traité au bisulfite; 3)
analyse en profondeur de l'expression génique au moyen
d'étiquettes (very deep tag-based gene expression); 4) analyse
du profil des courtes séquences d'ARN; 5) étude des interactions
protéines-ADN ou protéines ARN par le séquençage combiné à
l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-Seq); 6) séquençage
métagénomique.

Le débit élevé de production de données de séquences de grande
qualité est un élément essentiel du travail à faire dans le
cadre des projets actuels et futurs. En effet, pour satisfaire
aux exigences accrues des projets décrits ci-dessus, nous avons
besoin de la capacité offerte par les nouveaux appareils et des
mises à niveau des plateformes que nous avons déjà, afin que les
systèmes puissent s'intégrer harmonieusement aux systèmes
existants du laboratoire et à son architecture bioinformatique. 

Justification du recours à un fournisseur unique 

(d) Un seul fournisseur est en mesure d'exécuter les travaux.

Le séquenceur Illumina HiSeq 2000 comporte une plateforme unique
et entièrement intégrée fondée sur une technologie exclusive de
séquençage par synthèse permettant de faire un grand nombre de
réactions à la fois dans le cadre des analyses génétiques et de
la génomique fonctionnelle. Il s'agit d'une plateforme Illumina
de 2e génération qui comprend l'analyseur HiSeq 2000 et une
série de collections de données et de logiciels d'analyse, ainsi
que des consommables spécialisés. Le débit hautement accru des
données et la grande qualité des données de séquences produites
par le HiSeq 2000 de concert avec la mise à niveau 2500 signifie
que les activités requises des différents projets pourront
aisément être déployées dans le cas des génomes complexes comme
celui du blé, des Brassica, des légumineuses et d'autres
plantes. De plus, l'acquisition d'une telle plateforme permettra
aux chercheurs du CNRC de répondre aux besoins mentionnés dans
la section Contexte (points 1 à 6). Il est important de noter
que la nouvelle plateforme HiSeq 2000 sera entièrement
compatible avec le séquenceur HiSeq 2000 existant et
l'infrastructure bioinformatique en place au CNRC de Saskatoon;
il ne faudra donc que très peu de soutien additionnel pour
qu'elle soit opérationnelle dans les plus brefs délais. La mise
à niveau HiSeq 2500 a été spécifiquement conçue pour la
plateforme HiSeq et permet de choisir un délai d'exécution plus
court (24 heures plutôt que 10 jours) pour obtenir de nombreuses
lectures de 100 pb de grande qualité. Quant au séquenceur MiSeq,
il s'agit d'un appareil autonome faisant appel au même processus
exclusif de séquençage et offrant le même format de données de
sortie que le HiSeq, mais qui est utilisé pour les courtes
analyses. Il permet d'obtenir des lectures appariées de grande
qualité (précision >Q30 pour 70 % des lectures) pouvant
atteindre 250 pb avec une capacité de lecture prévue de 300 pb
vers le milieu de 2013. À l'heure actuelle, il s'agit de la
seule plateforme qui permette de telles analyses, et les données
générées par ces analyses sont cruciales pour établir le lien
entre les régions peu complexes communément trouvées dans les
grands génomes végétaux. L'appareil MiSeq peut aussi fonctionner
en mode « lecture courte » pour une évaluation rapide de la
qualité des banques de séquences à analyser avec les plateformes
HiSeq 2000. Il s'agit de la seule plateforme de séquençage
offrant un tel contrôle de la qualité des banques de séquences
pour les plateformes Illumina HiSeq. Le MiSeq sera également
entièrement compatible avec le système de séquençage et
l'infrastructure bioinformatique existants au CNRC de Saskatoon
et ne nécessitera donc que peu de soutien additionnel pour être
complètement opérationnel dans les plus brefs délais.

Règlements sur les marchés de l'État (RME) - Exception
d)	où le marché ne peut être exécuté que par une seule personne
ou une seule entreprise.

Article 506 de l'ACI
12 (b)	pour assurer la compatibilité avec des produits
existants, pour assurer le respect de droits exclusifs tels que
des droits d'auteur ou des droits fondés sur une licence ou un
brevet, ou encore pour l'entretien de produits spécialisés,
lorsque cet entretien doit être effectué par le fabricant ou son
représentant.


Article 1016 de l'ALENA
2 (b) lorsque, du fait qu'il s'agit de travaux d'art ou pour des
raisons liées à la protection de brevets, de droits d'auteur ou
d'autres droits exclusifs ou de renseignements de nature
exclusive, ou en l'absence de concurrence pour des raisons
techniques, les produits ou services ne pourront être fournis
que par un fournisseur particulier et qu'il n'existera aucun
produit ou service de rechange ou de remplacement
raisonnablement satisfaisant.

OMC-AMP Article XV
1 (b) lorsque, du fait qu'il s'agit de travaux d'art ou pour des
raisons liées à la protection de droits exclusifs, tels que des
droits de brevet ou de reproduction, ou en l'absence de
concurrence pour des raisons techniques, les produits ou
services ne pourront être fournis que par un fournisseur
particulier et qu'il n'existera aucun produit ou service de
rechange ou de remplacement raisonnablement satisfaisant.

Un seul fournisseur connu
Illumina Canada Inc
5200 Illumina Way
San Diego
Californie
92122

Valeur estimative : 834 292,94 $CAN 

Date de livraison : Indiquée ci-dessus

L'État fait savoir par la présente qu'il a l'intention de
n'inviter à soumissionner que l'entreprise susmentionnée et de
ne négocier qu'avec elle.  Pour de plus amples renseignements
concernant ce marché, communiquer avec l'agent de négociation
des marchés dont le nom est indiqué ci-dessus.

Un préavis d'adjudication de contrat (PAC) permet aux ministères
et aux organismes de publier un avis, pendant un minimum de
quinze (15) jours civils, pour informer la collectivité des
fournisseurs de leur intention de passer un marché pour un bien,
un service ou des travaux de construction à un fournisseur
sélectionné d'avance. Si pendant la période d'affichage, aucun
fournisseur ne présente d'énoncé de compétences répondant aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés pourra alors procéder à l'attribution du marché. S'il
est jugé, toutefois, qu'un énoncé de compétences répond aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés doit lancer le processus complet d'appel d'offres.

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts
à fournir les produits ou les services décrits dans cet avis
peuvent présenter un énoncé de compétences à la
personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici
la date de clôture, laquelle est aussi précisée dans l'avis.
L'énoncé de compétences doit démontrer clairement la façon dont
le fournisseur compte s'y prendre pour répondre aux exigences
indiquées dans le préavis.

Le numéro de dossier de TPSGC, le nom de l'agent de négociation
des marchés et la date de clôture du préavis d'adjudication de
contrat (PAC) doivent figurer en lettres moulées sur
l'enveloppe, ou sur la feuille d'accompagnement, s'il s'agit
d'un envoi par télécopieur.

L'État se réserve le droit de négocier les conditions de tout
marché avec les fournisseurs.

Les documents peuvent être présentés dans l'une ou l'autre des
langues officielles du Canada.