Système de séquençage

Entente sur le commerce : ALÉNA/ACI/et les ALE entre Canada et
Pérou/Colombie/Panama
Processus de demande des soumissions : Habituellement, une seule
entreprise est invitée à soumissionner
Pièce jointe : Aucune
Stratégie d'approvisionnement non concurrentielle : Droits
exclusifs
Entente sur les revendications territoriales globales : Non
Nom et adresse du fournisseur : 
Illumina Canada, Inc.
5200 Illumina Way
San Diego California
United States
92122
Nature des besoins : 


Système de séquençage

W0114-145087/A
Semple, Patrick
Telephone No. - (613) 530-3117 (    )
Fax No. - (613) 545-8067

1. Préavis d'adjudication de contrat(PAC)

Un PAC est un avis public indiquant aux fournisseurs qu'un
ministère ou un organisme a l'intention d'attribuer un contrat
pour des biens, des services ou de la construction à un
fournisseur sélectionné d'avance. Le PAC permet ainsi à d'autres
fournisseurs de montrer leur intérêt en soumettant un énoncé de
capacités. Si aucun fournisseur ne présente un énoncé des
capacités qui satisfait aux exigences établies dans le PAC, au
plus tard à la date de clôture indiquée dans le PAC, l'agent de
négociation des contrats peut aller de l'avant avec
l'attribution du contrat au fournisseur sélectionné à l'avance.

2.  Besoin: Système de séquençage

Le Collège militaire royal du Canada (CMRC) situé à Kingston, ON
exige la livraison, l'installation et la formation nécessaire
pour un séquenceur Mi-Seq fabriqué par Illumina Canada Inc., au
CMRC avant le 31 Mars 2014.

Le Laboratoire en toxicologie environnementale et endocrinologie
du CMRC mène plusieurs projets de recherche sur la génomique, en
particulier sur la transcriptomique et l'épigénétique. Le
Laboratoire en toxicologie environnementale et endocrinologie
travaille en collaboration avec des chercheurs du ministère de
la Défense nationale, d'Environnement Canada et de Pêches et
Océans Canada. 

Le CMRC nécessite d'acheter un séquenceur pour conduire ses
études sur le transcriptome. Après un examen attentif de tous
les instruments actuellement disponibles sur le marché canadien,
seule la plate-forme d'Illumina (le Mi-Seq) a toutes les
exigences nécessaires pour répondre aux besoins de recherche du
CMRC. L'objectif principal du Laboratoire en toxicologie
environnementale et endocrinologie est d'éclaircir les
mécanismes moléculaires d'action des polluants environnementaux
chez les vertébrés. En raison des limitations dans l'évaluation
de seulement 1-3 gène(s) à la fois pour un appareil de réaction
en chaîne par polymérase en temps réel (simplex ou multiplex )
ou de l'utilisation unique d'animaux ayant un génome séquencé
pour des biopuces à ADN, le développement de novo de bases de
données des transcriptomes d'animaux traités est devenu
l'approche scientifique la plus économique et la plus rapide
dans le domaine de l'écotoxicogénomique aquatique. Le séquenceur
d'Illumina, le Mi-Seq, est actuellement la technologie la plus
robuste qui a démontré son succès dans plusieurs articles
scientifiques publiés dans le domaine de la toxicologie
aquatique. Le système Mi-Seq propose un séquenceur de
laboratoire (de paillasse) précis qui est facile à utiliser et
qui intègre l'amplification, le séquençage et l'analyse de
données en un seul instrument. Cette facilité d'utilisation et
les applications polyvalentes du Mi-Seq permettront à cet
équipement d'être efficacement utilisé par plusieurs
laboratoires, dont le Groupe des sciences environnementales du
CMRC. De plus, le Laboratoire en toxicologie environnementale et
endocrinologie est en train de développer des approches
pionnières en épigénétique chez les espèces non-mammifères, une
approche qui nécessite le séquençage d'une grande variété
d'échantillons. En résumé, la rapidité, la précision, la
facilité d'utilisation, la polyvalence, la robustesse et le
génie de la technologie de la chimie font du Mi-Seq le système
idéal pour répondre à toutes les exigences du CMRC.
 
3. Critères pour l'évaluation de l'énoncé de compétences
(Exigences essentielles minimales)

En raison de la nature des recherches du CMRC de travailler avec
des génomes de grandes tailles, il est impératif que
l'instrument soit rapide, efficace et très précis afin de faire
face à la grande quantité d'échantillons qui doivent être
traités. Le séquenceur doit:

- produire en moyenne 25 millions lectures filtrées de haute
qualité 
- générer plus de 50 millions lectures jumelées (paired end
reads), et ce, jusqu'à 300 paires de bases pour chaque lecture
- produire 15 Gb de données de haute qualité par essai en aussi
peu de 4 heures
- faire l'addition compétitive de nucléotides avec une
technologie de terminaison réversible exclusive qui permet une
grande précision pour le séquençage, même à travers des régions
homopolymères
- Le système doit pouvoir être utilisé à distance sur l'Internet
avec un navigateur web standard en utilisant un environnement de
cloud computing, ainsi qu'avoir la capacité de transférer des
données vers le cloud éliminant ainsi le besoin de stockage de
données et d'analyse en utilisant des ordinateurs sur place.

Le séquenceur doit offrir la possibilité de faire le séquençage
du transcriptome, le séquençage ciblé et le séquençage des
micro-ARNs.

4. Applicabilité des accords commerciaux à l'achat

Le présent achat est assujetti aux accords commerciaux suivants: 

Accord sur le commerce intérieur (ACI)
Accord de libre-échange nord-américain (ALÉNA)
Les ALE entre Canada et Pérou/Colombie/Panama 

5.  Justification du recours à un fournisseur sélectionné à
l'avance

Le système d'Illumina, le Mi-Seq, est le seul système qui répond
à toutes les exigences essentielles ci-dessus. De plus, en
biologie moléculaire aquatique, le système Mi-Seq est l'un des
systèmes les plus utilisés (Mehinto et al., 2012 Frontiers in
Genetics, 3(62)1-10). La chimie utilisée par le séquençage
d'Illumina par synthèse (SBS) est le leader dans l'exactitude
des données, une qualité qui est essentielle lorsqu'il s'agit
d'analyser un grand nombre d'échantillons. À titre de
comparaison et de continuité, il est crucial que le CMRC utilise
le même système que leurs collègues en recherche pour permettre
une production de données compatible afin de faire des analyses
métagénomiques. Enfin, Illumina offre le seul système qui permet
aux utilisateurs de surveiller leur essai de séquençage à
distance sur l'Internet grâce à un navigateur Web utilisant
BaseSpace, un environnement de cloud computing, ainsi que de
diffuser les données sur BaseSpace éliminant le besoin de
stockage de données sur des ordinateurs dédiés seulement aux
analyses. BaseSpace fournit également la gestion instantanée sur
le Web des données, l'archivage, l'analyse et le partage des
capacités. Étant une universitaire fédérale et militaire à accès
restreint après les heures normales de travail, cette fonction
du Mi-Seq est nécessaire pour permettre au personnel de
travailler sur leurs bases de données lorsque le laboratoire est
fermé.


6. Exemption du Règlement sur les marchés de l'État

L'exception suivante au Règlement sur les marchés de l'État est
invoquée pour cet achat en vertu de l'alinéa6d) - "une seule
personne est en mesure d'exécuter le marché".


7. Justifications d'appel d'offres limité

Les justifications d'appel d'offres limité suivantes sont
invoquées en vertu des accords ci-dessous:

Accord sur le commerce intérieur(ACI) - Alinéa506-12b): lorsque,
pour des raisons d'ordre technique, il y a absence de
concurrence et que les produits ou services ne peuvent être
fournis que par un fournisseur donné et qu'il n'existe aucune
solution de rechange ou encore de produits ou services
deremplacement.

Accord de libre-échange nord-américain(ALÉNA) - Alinéa1016: dans
le cas des œuvres d'art, ou pour des raisons qui ont trait à la
protection d'un brevet, de droits d'auteurs ou de tous les
autres droits exclusifs, ou dans le cas de renseignements
commerciaux de nature exclusive ou lorsqu'il y a absence de
concours pour des raisons techniques, les biens et les services
peuvent être offerts seulement par un fournisseur en particulier
avec aucun autre choix raisonnable de rechange ou de
substitution possible.


8. Période de la date de livraison proposée

L'équipement doit être livré au plus tard le 31mars2014.


9. Estimation des coûts du marché proposé

La valeur du marché, y compris les options, est estimée à
100000,00 - 150000,00$ (hors TPS/TVH).	


10. Nom et adresse du fournisseur prédésigné

Illumina Canada Inc.
5200 Illumina Way  
San Diego, Californie  
États-Unis,  92122

11. Droit des fournisseurs de présenter un énoncé de capacités

Les fournisseurs qui s'estiment pleinement qualifiés et
disponibles pour fournir les biens et les services ou pour
exécuter les travaux de construction décrits dans le PAC peuvent
présenter un énoncé de capacités par écrit à la
personne-ressource nommée dans le présent avis au plus tard à la
date de clôture qui y est indiquée. L'énoncé de capacités doit
montrer clairement comment le fournisseur satisfait aux
exigences publiées.


12. Date limite de présentation d'un énoncé de capacités

La date limite de présentation des énoncés de capacités a été
fixée au: mardi 31 décembre 2013, 14:00 Heure normale de l'Est
(HNE)

13. Demandes de renseignements et présentation des énoncés de
capacités

Les demandes de renseignements et les énoncés de capacités
doivent être envoyés à:

Patrick Semple
Intern Officer
Travaux publics et Services gouvernementaux Canada
Direction générale des approvisionnements
86 Clarence Street
Kingston
Ontario	
Téléphone : 	613.530-3117
Télécopieur : 	613.545-8067
Courriel : 	patrick.semple@pwgsc.gc.ca
Date de livraison : Indiquée ci-dessus

L'État fait savoir par la présente qu'il a l'intention de
n'inviter à soumissionner que l'entreprise susmentionnée et de
ne négocier qu'avec elle.  Pour de plus amples renseignements
concernant ce marché, communiquer avec l'agent de négociation
des marchés dont le nom est indiqué ci-dessus.

Un préavis d'adjudication de contrat (PAC) permet aux ministères
et aux organismes de publier un avis, pendant un minimum de
quinze (15) jours civils, pour informer la collectivité des
fournisseurs de leur intention de passer un marché pour un bien,
un service ou des travaux de construction à un fournisseur
sélectionné d'avance. Si pendant la période d'affichage, aucun
fournisseur ne présente d'énoncé de compétences répondant aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés pourra alors procéder à l'attribution du marché. S'il
est jugé, toutefois, qu'un énoncé de compétences répond aux
exigences précisées dans le PAC, l'agent de négociation des
marchés doit lancer le processus complet d'appel d'offres.

Les fournisseurs qui estiment être pleinement qualifiés et prêts
à fournir les produits ou les services décrits dans cet avis
peuvent présenter un énoncé de compétences à la
personne-ressource dont le nom figure dans le présent avis d'ici
la date de clôture, laquelle est aussi précisée dans l'avis.
L'énoncé de compétences doit démontrer clairement la façon dont
le fournisseur compte s'y prendre pour répondre aux exigences
indiquées dans le préavis.

Le numéro de dossier de TPSGC, le nom de l'agent de négociation
des marchés et la date de clôture du préavis d'adjudication de
contrat (PAC) doivent figurer en lettres moulées sur
l'enveloppe, ou sur la feuille d'accompagnement, s'il s'agit
d'un envoi par télécopieur.

L'État se réserve le droit de négocier les conditions de tout
marché avec les fournisseurs.

Les documents peuvent être présentés dans l'une ou l'autre des
langues officielles du Canada.