Génomique de la baleine à bec commune

Centre d’approvisionnement – Fredericton

301, promenade Bishop

Fredericton (Nouveau-Brunswick) E3C 2M6

22 juillet 2019

F5211-190273

PRÉAVIS D’ADJUDICATION DE CONTRAT

TITRE: Génomique de la baleine à bec commune

PAC :

L’objectif de ce préavis d’adjudication de contrat (PAC) est de signaler l’intention du gouvernement d’octroyer un contrat pour l’obtention de ces services à Dalhousie University, 1355 Oxford St, Halifax, NS B3H 4R2. Toutefois, avant d’octroyer un contrat, le gouvernement aimerait offrir aux fournisseurs la possibilité de faire la preuve qu’ils sont capables de répondre aux exigences établies dans le présent préavis, en présentant un énoncé de capacités pendant la période d’affichage du PAC.

Si d’autres fournisseurs potentiels présentent un énoncé des capacités pendant la période d’affichage du PAC et prouvent ainsi qu’ils satisfont aux exigences établies dans le PAC, le gouvernement enclenchera un processus d’appel d’offres complet en ayant recours au Service électronique d'appels d'offres du gouvernement ou encore à la méthode traditionnelle avant d’octroyer le contrat en question.

Si, au plus tard à la date de clôture, aucun autre fournisseur ne présente d’énoncé de capacités répondant aux exigences établies dans le PAC, un contrat sera attribué au fournisseur présélectionné.

INTRODUCTION :

Pêches et Océans Canada (MPO) souhaite obtenir des services de reséquençage à faible profondeur du génome de la baleine à bec commune.

CONTEXTE :

La baleine à bec commune (population du plateau néo-écossais) est inscrite en tant qu’espèce en voie de disparition aux termes de la Loi sur les espèces en péril fédérale (LEP). Pêches et Océans Canada (MPO) a préparé une stratégie et un plan d’action de rétablissement pour cette population.

OBJECTIFS :

Le Marine Gene Probe Lab (MGPL) préparera des échantillons de tissus de biopsie pour le séquençage, y compris l’extraction de l’ADN, la purification, la quantification et le contrôle de la qualité pour les normes de séquençage requises. Un code à barres sera attribué à l’ADN d’au moins vingt individus et ce dernier sera préparé pour le séquençage à l’aide des trousses de préparation de la NexteraXT Library d’Illumina, puis séquencé sur un appareil Illumina NovaSeq. Les banques d’ADN seront normalisées pour une profondeur de séquençage cible de 10X.

EXIGENCES CONCERNANT LES TRAVAUX :

Évaluer la performance des méthodes proposées pour identifier les polymorphismes à l’échelle du génome, résumer l’ensemble de données du SNP conservé, évaluer les paramètres de diversité régionaux et à l’échelle de l’aire de répartition, composer un arbre phylogénétique non enraciné. Les méthodes d’alignement et de couplage permettant d’identifier le sexe des individus à partir de données de reséquençage seront évaluées et comparées à des critères morphologiques d’identification du sexe. Les mesures de diversité et un réseau haplotype des mitogénomes séquencés accessoirement. Un plan de travail décrivant les prochaines étapes nécessaires à une analyse exhaustive de la structure de la population (phase II).

PHASE II (proposée) – Fournir des analyses de la structure de la population à l’aide de données génomiques. Nous utiliserons des méthodes établies (analyse des composantes principales, fastSTRUCTURE) et émergentes (regroupement individuel à l’aide de sNMF, regroupement par apprentissage automatique à l’aide de t-SNE) pour identifier la subdivision génétique de la population. La caractérisation de la structure génétique fine des populations de baleines à bec communes a été limitée par la faible diversité et le nombre limité de marqueurs ciblés provenant de quelques régions du génome. Parce qu’un ensemble de données SNP à l’échelle du génome considère toutes les positions génomiques, il permettra de déterminer plus précisément si la structure génétique est présente ou non dans des échantillons provenant de différentes régions géographiques. L’étude sera présentée dans des conférences et soumise à une publication évaluée par des pairs.

PHASE III (proposée) – Analyses des régions génomiques sélectionnées et reconstruction de la démographie historique. La profondeur de plongée de la baleine à bec commune pendant la recherche de nourriture est susceptible d’imposer de fortes pressions sélectives. Nous rechercherons les régions du génome en cours de sélection en comparant les taux de substitution synonyme et non synonyme dans tous les échantillons, en identifiant les régions qui peuvent être en cours de sélection. La ZPM du Gully est génétiquement distincte des populations plus nordiques de baleines à bec communes. À titre de population la plus méridionale, elle peut être sujette à des problèmes d’adaptation qui ne se posent pas ailleurs dans l’aire de répartition des baleines à bec communes, comme la température et les activités humaines. Nous vérifierons si les régions génomiques pourraient faire l’objet d’une sélection divergente entre la ZPM du Gully et d’autres populations en analysant la différenciation génétique dans le génome de la baleine à bec commune. L’effet des fluctuations climatiques antérieures au dernier maximum glaciaire sur la démographie historique de la baleine à bec commune est actuellement inconnu et nous reconstituerons l’historique de l’évolution de la baleine à bec commune à l’aide de la méthode PSMC. L’étude sera présentée dans des conférences et soumise à une publication évaluée par des pairs.

TÂCHES ET PRODUITS À LIVRER :

L’entrepreneur doit fournir un rapport comprenant un résumé des méthodes, une évaluation du rendement pour l’identification des polymorphismes du génome, un ensemble de données SNP conservé pour tous les individus, un examen initial des mesures de diversité régionale et à l’échelle de l’aire de répartition, un arbre phylogénétique non enraciné et un aperçu des prochaines étapes. Les méthodes d’alignement et de couplage permettant d’identifier le sexe des individus à partir de données de reséquençage seront évaluées et comparées à des critères morphologiques d’identification du sexe. Des mesures de la diversité et un réseau haplotype des mitogénomes séquencés accessoirement seront inclus.

CRITÈRES OBLIGATOIRES :

L’entrepreneur doit avoir accès à des échantillons de biopsie prélevés sur la population de baleines à bec communes du plateau néo-écossais.

VALEUR ESTIMATIVE :

La valeur totale du contrat ne doit pas dépasser 27 300 $ (taxes applicables en sus) pour la période ferme allant de l’attribution du contrat jusqu’au 27 mars 2020. Chaque phase optionnelle subséquente est estimée à 9 400 $ (chacune).

EXIGENCES RELATIVES À LA SÉCURITÉ

Aucune exigence de sécurité.

APPLICABILITÉ DE L'ACCORD COMMERCIAL ET AUTRES OBLIGATIONS :

Aucun accord commercial ne s'applique.

EXCEPTOIN AU RÈGLEMENT SUR LES MARCHÉS DE L'ÉTAT ET MOTIFS JUSTIFIANT LE RECOURS À L'APPEL D'OFFRES RESTREINT :

Les exigences en matière de politique suivantes s’appliquent au processus de préavis d’adjudication de contrat (PAC) :

Exceptions applicables aux appels d’offres en vertu du Règlement sur les marchés de l’État (RME) (article 6) :

Selon l’article 10.2.1 et l’article 6 (d), une seule personne ou une seule société peut exécuter le travail; la règle s’applique à ce PAC pour les raisons suivantes :

les cas où le marché ne peut être exécuté que par une seule personne ou une seule société.

DURÉE DU CONTRAT :

Le contrat sera en vigueur à compter de sa date d’attribution jusqu’au 27 mars 2020.

DROIT DU FOURNISSEUR DE PRÉSENTER UN ÉNONCÉ DE CAPACITÉS :

Les fournisseurs qui s’estiment pleinement qualifiés et prêts à fournir les services décrits dans la présente doivent présenter par écrit un énoncé de capacités à l’agent de négociation des marchés dont le nom est indiqué dans le présent préavis, à la date de clôture au plus tard. L’énoncé de capacités doit clairement démontrer comment le fournisseur satisfait aux exigences publiées.

DATE DE CLÔTURE POUR LA SOUMISSION DES ÉNONCÉS DE CAPACITÉS :

Le 6 août 2019 à 14 h (HAA)

Les demandes de renseignements et les énoncés de capacités doivent être envoyés à l’adresse suivante :

Michael Peters

Agent des contracts – Services des marchés

Centre d’approvisionnement – Fredericton

Téléphone : (506) 429-2359

Courriel : DFOtenders-soumissionsMPO@dfo-mpo.gc.ca